Читать «Эволюционная патология» онлайн - страница 44

Наличие «внешней фазы» у жизненного цикла эндогенных ретровирусов приматов подтверждено наблюдением над эволюцией многих семейств ERV. Недавно описано семейство ERV-F(c), представляющее собой «расширение» семейства ERV-F/H. Геном человека включает только 6 вставок HERV-Fc, среди которых две имеют полноразмерные гены вирусной оболочки. Дальнейшее сравнение выявленного эндогенного вируса с аналогичными вирусами у других приматов показало, что провирус ERV-F(с) является эндогенным «следом» ретровирусных элементов, активных как экзогенные ретровирусы с низкой способностью к эндогенизации (endogeneization potency). Были получены доказательства его реинтеграции с геномом приматов в два различных периода их эволюции (Benit L. et al., 2003).

Эндогенный ретровирус семейства ERV9 также неоднократно вовлекался в процесс эволюции приматов, затем его транспозиционная активность обрывалась. Первые представители семейства ERV9 (линия А) «проникли» в геном предков нынешних приматов Старого Света уже после разделения континента Гондваны (Gondwanaland), т. е. около 38 млн лет назад. Наиболее активно экспансия ERV9 по геному приматов осуществлялась в период их дивергенции от гиббонов на высшие виды обезьян (16—6 млн лет назад). В период 8–6 млн млн лет назад семейство ERV9 наиболее интенсивно пролиферировало по геному вида, предкового для человека и шимпанзе (см. рис. 4 Б). Затем пролиферация ERV9 остановилась. Как фактор эволюции генома приматов это семейство транспозируемых элементов перестало существовать. В геноме человека сохранились более сотни дефектных ERV9 и, по крайней мере, 4 тыс. одиночных длинных терминальных повтора (solitary LTRs), возникших благодаря гомологичной рекомбинации между 5’- и 3’-LTR полноразмерных ERV9, рассеянных по геному приматов в эволюционном прошлом (Lopez-Sanchez P. et al., 2005).

Как противоположность ретровирусам, имеющим экзогенные и эндогенные аналоги, было описано семейство без гена env — ERV–L (Benit et al., 1999), а следовательно, и без экзогенный фазы в своей эволюционной истории. По примеру других ретроэлементов семейство можно реклассифицировать в группу ретротранспозонов, если бы не следующее обстоятельство. Семейство имеет до 200 копий в геноме человека и мышей. Анализ его филогенетического древа, основанного на гене RT (reverse transcriptase, обратная транскриптаза), показал возможность утраты гена env в прошлом, и реинфекцию и вторичную интеграцию ERV–L в геном млекопитающих в виде полноценного провирусного элемента (Lopez-Sanchez P. et al., 2005).

Эндогенные ретровирусы обнаружены почти у каждого позвоночного вида. Но что касается HERV, то только два их семейства были выявлены в геноме других позвоночных, помимо приматов. Это семейства HERV–L у мышей, кроликов, собак, кошек (общий предок около 100 млн лет); и HERV–I у птиц, рептилий и рыб (общий предок около 400 млн лет) (Martin et al., 1997; Benit et al., 1999). Большинство же из инфицированных HERV зародышевых линий приматов появились в период от 20 до 40 млн лет назад (после разделения приматов Нового и Старого Света). Последующие взрывы реинтеграции/амплификации HERV в эволюции приматов были менее протяженными. Следовательно, участие HERV в эволюции приматов более ограничено по времени, чем его занимали других ретроэлементы, представленные в геноме человека. Например, LINE и SINE обнаружены почти во всех эукариотических линиях и до сих пор показывают признаки активности (см. подглаву 1.2).